ILT voert controles (audits) uit op de bedrijfsvoering van Kiwa Register. ILT bekijkt en beoordeelt de uitvoering en beheersing van de aan Register overgedragen taken. Een dergelijke audit vindt jaarlijks plaats. Indien verbeterpunten naar voren komen stelt Register een plan van aanpak op. Op een later tijdstip beoordeelt ILT met een nieuwe audit de effectiviteit van de genomen maatregelen.
De bedrijfsvoeringsprocessen van Register en de auditering daarvan zijn, onder meer vanwege de juridische regels rondom mandatering, vertrouwelijk van aard en dienen als zodanig te worden behandeld. De Tweede Kamer heeft desondanks, omwille van inzicht in de stand en gang van zaken bij Register, inzage gevraagd in de auditrapportages van ILT. Hoewel niet verplicht die inzage te bieden, heeft Register besloten deze rapportages openbaar te maken. Dit is gebeurd na afstemming met en toestemming van de ILT. Register wil zo alle mogelijke twijfel over de gang van zaken bij en inzet van Register wegnemen.